Der von den Fans so genannte „Eff Cee Bee“ wurde am 15. November 1893 gegründet, nachdem drei Tage zuvor per Zeitungsinserat in der „Basler Nationalzeitung“ eine Fussballgründung ausgeschrieben wurde. Am jenem Tag trafen sich elf interessierte Leser in einer Basler Kneipe, darunter Mitglieder eines Rudervereines, Akademiker und ein Sportjournalist (der die Fußballregeln aus dem Englischen übersetzte) und beschlossen die Gründung des FC Basel. Die Vereinsfarben wurden in rot-blau gehalten.
Nachdem 1980 zum 8. Mal in der Vereinsgeschichte - zum 7. Mal unter Helmuth Benthaus - die Meisterschaft gewonnen wurde, ging Benthaus, der nebenbei noch an der Universität Basel dozierte, 1982 zum VFB Stuttgart. Die folgenden Jahre verliefen dann für den Club weitgehend erfolglos. 1985 kehrte Benthaus nochmals zurück, konnte aber nicht mehr an seine früheren Erfolge anknüpfen. 1988 musste der FCB sogar aus der Nationalliga A absteigen.
Erst 1994 erfolgte der Wiederaufstieg ins Oberhaus. 1997/98 wurde, trotz namhafter Transfers von Spielern aus der Bundesliga (Gaudino,Kreuzer) und einigen Monaten (Juli–Oktober 1997) unter dem Trainer Jörg Berger der Abstieg nur knapp vermieden.
Am 1. Juli 1999 wurde Christian Gross verpflichtet, der zuvor Trainer bei Tottenham war. Unter der Mäzenin und Roche-Erbin Gigi Oeri, die Millionen von Franken in den Verein investierte, kam der grosse Erfolg ins 2001 neu eröffnete StadionSt. Jakob-Park zurück: Als erster Schweizer Verein erreichte der FC Basel das Finale des UI-Cups (Niederlage gegen Aston Villa).
